研究者如何第一时间了解生物医学进展?已故植物学家钟扬讲过,最及时、鲜活的信息在研究者的大脑中,然后是面对面交流,其次是学术会议,最末是公开发布的文献。那么预印本文献应该排在什么位置?
撰文|韦玉
相比2003年的SARS疫情时期,本次新冠疫情期间,我们多了一个面向生物医学领域的预印本平台作为学术交流的领地。所以,我们现在可以及时地看到很多关于疫情的流行病学和基础研究论文。据统计,在2003年SARS疫情结束时,90%的论文还在审稿当中,没有及时发表。
随着疫情的蔓延,不少科学家加入到新冠病的研究当中。第一时间了解全球各地科学家的工作,是科学防疫的基础。临床医生、公卫管理者等防疫人员可以根据科研结论在第一时间作出快速反应。例如病的基因组序列、临床特征、治疗效果评价等等,不少进展都是先发表在了bioRxiv或medRxiv这些预印本系统上。
预印本系统的历史
预印本,顾名思义是还未正式发表在学术期刊上的论文,一般未经同行评议之类的质量把控。公益性的预印本平台目的在于让学者快速发布论文,因为按照传统的论文审稿流程,一篇论文从投稿到发布需要数周到数年之久。
观点:受疫情影响私人投资者减少,中东欧的初创企业开始转向公共资金:斯洛伐克区块链初创公司Alftins的私人支持者因新冠疫情在3月退出融资交易时,它还有其他选择——公共资助的风险投资公司Crowdberry。Crowdberry设法在第二轮谈判中获得更好的条款,Alftins得到所需的资金。Alftins创始人Richard Fetyko称,这是阻力最小的途径,Crowdberry是非常好的战略合作伙伴。Alftins正在开发数字资产在线交易平台。
该事件突显出,随着私人投资者从该地区的初创企业领域撤退,一些公共支持的风险投资公司正加紧努力,将种子资金流向波兰、捷克、斯洛伐克和匈牙利等国家的初创企业。Crowdberry合伙人Michal Nespor称,许多新兴公司将别无选择,只能动用这些资金,因为私人资金将因疫情而非常谨慎。
在疫情爆发前,中东欧许多初创企业更青睐私人投资者,他们通常会提供更好估值,并与硅谷等地的全球投资者建立联系,以便日后进行更大规模融资。但随着私人种子资金枯竭,他们越来越多转向公共资助,因为希望跟随波兰在线市场Allegro、罗马尼亚软件公司UiPath和富时100成员Avast的脚步,打造下一个独角兽。(路透社)[2020/7/31]
冷泉港的bioRxiv在2013年推出,medRxiv于2019年问世。另外,不太知名的PeerJ也在2013年面世,中科院的ChinaXiv在2017年7月推出后一直不温不火。
疫情影响中国经济一季度同比回落6.8% 3月份主要经济指标降幅明显收窄:国家统计局17日发布数据,初步核算,一季度国内生产总值同比下降6.8%。3月份,规模以上工业增加值等多项指标降幅比前两个月明显收窄。国家统计局新闻发言人毛盛勇说,总的来看,一季度,在新冠肺炎疫情冲击下我国经济社会大局保持稳定。同时也要看到,当前国际疫情持续蔓延,世界经济下行风险加剧,不稳定不确定因素显著增多,复工复产和经济社会发展面临新的困难和挑战。[2020/4/17]
3月BTC大跌对中国矿工影响最大,新冠肺炎疫情影响算力下降:据《证券日报》此前报道,记者对3月大跌中的数字币“矿圈”调查后发现,40多款矿机已触及关机价,不少中小矿工被“劝退”,矿机抛售潮已经出现。某业内人士透露,“根据F2pool的全网算力数据粗略计算,从3月10日到现在,约有230万台蚂蚁S9被迫关机。”由于大量S9和老式设备变得无利可图而无法继续使用,BTC价格下跌似乎对中国矿工影响最大。
对此,Blockware Solutions首席执行官Matt D’Souza向Cointelegraph表示,“出现下降是因为部分老一代矿机无利可图。如果你监测矿池,会发现许多亚洲的矿池损失算力,而不是美国的矿池。这表明是东方的机器关闭了,而不是北美的。那是老一代设备在东方出局。最终是比特币价格下跌,机器变得无利可图,被迫关闭。”新冠病不仅通过其对比特币价格的影响间接影响到矿工,而且几乎影响到所有其他资产类别,随着供应链的中断,疫情也更广泛地影响该地区,使机器更难获得。“我认为新冠肺炎影响了算力下降,因为它扰乱了全球供应链。矿工没有足够快地得到设备。下一代矿机因新冠肺炎疫情而推迟,所以难度调整要大得多。(Cointelegraph)[2020/4/4]
对于物理、数学、社会科学领域的学者来说,预印本系统并不陌生。最早的预印本系统是1991年出现的arXiv,专门收录这几个领域的论文。俄罗斯天才数学家GrigoriPerelman证明“庞加莱猜想”的论文就发表在arXiv上。
学习时报:充分应用区块链等新技术支撑疫情防控工作:3月12日,学习时报发文《战胜疫情和推动发展的精神法宝》。文章指出,充分运用大数据、无人机、人工智能、区块链等新技术支撑疫情防控工作。不少城市和地区依托全覆盖的信息管理体系和大数据分析平台,对病传播速度、发展规律、病例症状等信息进行数据分析,对人员流动进行动态监测,实现疫情分析、决策及各项防控举措的科学化、精准化、高效化。[2020/3/12]
那么预印本出现之前,科学家想提及时交流成果怎么办?通过信件或电邮——当然,电邮的出现和普及比较晚了。生活在前现代社会的列文虎克,就是通过给英国皇家学会写信的方式,“佳作”频传,最终被评上皇家学会会士。
越来越多的出版商接受预印本系统的存在。Nature在其“Peer-reviewpolicy”中提到,作者发布预印本不影响在Nature系列期刊投稿:“作者可以随时把自己论文发布在个人博客、维基站点或预印本平台上。”其实早在2005年3月,Nature就曾发表题为Naturerespectspreprintservers的社论,澄清了Nature接收发布过预印本的稿件的事实。大出版商Elsevier也同意作者先发布预印本乃至学位论文,不会影响正常投稿的接收。
中国知识产权发展联盟赵伟:疫情给区块链带来很多机会:3月1日下午14点由火币中国主办的“2020开火节”火热来袭!全国45座城市直播节点参与,汇聚10000人线上MEET UP!在《火透了2019的区块链,2020如何再度开火》圆桌环节上,中国知识产权发展联盟区块链专委会主任赵伟表示,这次疫情让2020年世界经济开局非常艰难,不过给区块链带来了很多机会。
赵伟表示,这次疫情危机为区块链带来了机会,未来区块链将在疫情防治、公共卫生、公益事业领域发挥重要作用。前段时间中央开会要求加强应对疫情的公共安全储备物资的管理,区块链对这些重要物资的数据透明、数据审计和调配控制,将能起到非常大的作用。
此外,这次疫情早期数据上报透明性,后来感染人群数据的掌握和收治,都遭受到公众的巨大质疑。包括公益事业对数据透明公开的要求非常强烈而具体,无论是武汉红会早期遭受的质疑,还是韩红基金会受到的投诉,背后本质上都是对数据是否透明和公开而质疑。而对捐款的来源、数额、使用情况,物资的管理和调配有全程可信的跟踪,区块链都将起到非常大的作用。[2020/3/1]
现在生物医学领域的竞争尤其激烈,一些知名科学家在投稿学术期刊之前,也会先放在bioAxiv等平台上宣示优先权,同时看看同行的反馈。另外,预印本系统与科技期刊的开放获取运动同步,大家可以免费看到的最新科学进展越来越多。
生物医学领域预印本系统推出得晚,主要原因不是网络技术或利益纠葛,而是由于生物医学领域自身的特性:获取论文非常简便的情况下,病人会由于缺乏专业分辨能力而误用论文中的“粗糙”结论,从而可能伤害自身健康。和国内常见的情形类似:病人度娘了一些自认无误的医学认识,然后当面质疑医生的诊疗结论。
当然,预印本平台也有接收论文的标准:不能剽窃,不能有冒犯性的内容,不能是非科学或伪科学的内容,不能造成公共安全危害等。但后台不对论文的方法论、结论和质量把关。如果大家了解论文或预印本的生产过程,那么就能够客观看待科学论文中的结论,知道科学进步是一个渐进的过程,科学共同体对一些问题是有共识的。
以科学家对CRISPR的认识过程为例。目前,CRISPR-Cas9基因编辑技术是非常火的领域,但一开始FancisMojica等人在细菌基因组中发现了CRISPR序列后,并不知道它的确切功能。LucianoMarraffini和ErikSontheimer提出了用CRISPR做基因编辑的设想。EmmanuelleCharpentier和JrgVogel等人发现了tracrRNA。等到JenniferDoudna、张锋等人发明了CRISPR-Cas9系统后,这个科学故事才终于完整。我们现在回过头去看,可以找出一个清晰的科学发现路径,但对于不同年代的科学家来说,他们只是在各自的小领域中孜孜不倦地工作着,无法事先确立一个明确的图景。
解读预印本论文要小心
1998年,英国医生AndrewWakefield在Lancet上发表了一篇论文,声称麻疹、风疹、流行性腮腺炎三联疫苗能够引发自闭症。受此影响,接下来的十多年,英国的部分家长听信这个说法而不再给孩子接种疫苗,使得腮腺炎在英国卷土重来。2004年,媒体记者调查发现,有疫苗官司业务的律师事务所贿赂了Wakefield,让他“做出”疫苗有害的科学证据。
2012年,法国分子生物学家Gilles-ricSéralini发表了一篇转基因致癌论文,其实是用致癌药物让大鼠长出肿瘤,然后移花接木,声称肿瘤是转基因食物引起的。论文一出,媒体对转基因的批判铺天盖地,欧洲的转基因产业深受影响。欧盟不得不浪费1500万欧元去证伪这个结果。虽然后来杂志早已撤稿,但巨大的经济社会代价已无法挽回,反转人士依然拿着不靠谱的结论津津乐道。
一些论文的结论往往会唬住外行,那么对于外行来说,看看论文下边的Twitter评论也许更有帮助。预印本论文的读者尤其容易错误理解论文结论,不能正确评价论文的结果,特别是论文本身存在方法缺陷和误导性的时候。
读者要避免把预印本中的一些结果误读成确定的事实。例如,近期一个牛津大学团队发表的流行病模型提出:如果存在大量的轻症和未测试的感染者,群体免疫是否可以实现?这与其说是一个结论,不如说是一个理论上的可能性。除非对人群进行大规模血清学测试,才可以证明群体免疫的进程,但是目前还没有这方面的数据。
“搅拌式新闻”成为时代的信息快餐|SarahRieke绘
明智的读者也不要相信那些洗稿或拼凑而成的“搅拌式新闻”(churnalism),这是没有采稿能力的媒体通过东拼西凑而非原始采访而撰写的新闻报导。这些新闻夸大事实,给不出确凿的证据。这里有一个基本原则可以用:无论是科学论文还是新闻,若内容太过惊人,往往是误导性的报道。
关注某个领域一些团队的系列研究,也是个获取真实信息的好办法,有较好发表记录的科研团队往往更可靠。不过,疫情以来,预印本系统中最先涌现的一批论文是中国的科研团队做出的,并且是首次投稿到预印本系统。这时候普通公众若关注某些论文,最好先让领域内的专家先判断下论文的水准。
预印本系统可以让作者快速了解学界对自己工作的反馈。科学共同体也可以通过对论文进行批评、实验验证、继续扩展等方式共同进步。这可以部分起到同行评议的作用:发现错误、评价结果解释是否得当、要求作者补足数据或实验。
创办6年来,bioRxiv平台已收录了8万余篇论文,其中只有不到90篇撤稿。这些撤稿论文大多是作者自己决定撤回的,比如怀疑自己的结果不可靠、作者名单有误等问题。新冠肺炎疫情以来,有两篇论文撤稿。一篇是印度人的工作:通过比对新冠病和HIV基因组序列,得出新冠病是人造病的结论。另外一篇是由于作者获取了更多病人的数据,他们的结论需要修改。
参考文献
LarryPeiperl.Preprintsinmedicalresearch:Progressandprinciples.PLoSMed.2018Apr;15(4):e1002563.
Wakefieldetal,1998,TheLancet,351,637-41.
Séralini,Gilles-Ericetal.LongtermtoxicityofaRoundupherbicideandaRoundup-tolerantgeneticallymodifiedmaize.FoodandChemicalToxicology.2012,50(11):4221–4231.(已被杂志撤稿)
JoseLourencoetal.Fundamentalprinciplesofepidemicspreadhighlighttheimmediateneedforlarge-scaleserologicalsurveystoassessthestageoftheSARS-CoV-2epidemic.MedRxiv.March26,2020.
━━━━━ 海外疫情大事记/关键词 美国:21州和2个海外领地进入“重大灾难”状态;“保持社交距离”指南延长至4月底21州和2个海外领地进入“重大灾难”状态美东时间29日.
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